Dopo il raffreddamento iniziale, inizia la perfusione di crioprotettori a bassa concentrazione attraverso l'incannulamento aortico. La perfusione e il raffreddamento continuo vengono effettuati con una macchina cuore-polmone. Man mano che il paziente continua a raffreddarsi, vengono perfuse concentrazioni più elevate di soluzioni crioprotettrici, finché la concentrazione non è sufficientemente alta per il processo di
vetrificazione. La temperatura finale raggiunta durante la crioprotezione è di -76°C (temperatura del ghiaccio secco). A questo punto la perfusione viene interrotta e l'attenzione si concentra sul mantenimento della temperatura.
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